湖北省电子商务研究中心依托于华中师范大学信息管理学院，设有学术委员会与负责人办公室，下辖产学研合作部、学术科研部、创新创业部等部门。学术科研部负责学术研究的相关工作，包括承担课题研究、学术成果产出、学术交流等;产学研合作部主要负责与政府、企业合作的相关工作，包括政企合作、产业对接、社会服务等;创新创业部主要负责与校内外创新创业比赛相关的组织工作，包括产品孵化、比赛指导、实训基地建设等。
组织结构与相应职责如图所示。
